民國八十七年十一月，菩薩於正殿左側興建藏經樓。其用意在收藏三菩薩歷年為門生會、善緣會、三節慶典、法會及各種弘法活動所製作的墨寶和法令圖，並給妙宗師父安居休息。

藏經樓採密宗藏式建築，風格獨特！此顯示三菩薩弘法採佛道密兼融並通！

聖恩宮正殿是佛道並修，波羅蜜講堂則是佛教淨土道場，藏經樓則為密教秘法之鑰。

上樓存放三菩薩弘法之法寶、信徒捐獻古董、「聖恩宮誌 」及大藏經。下樓則有師父安居禪房， 大廳放置信徒捐贈之大型古董，也是妙宗師父寫籤詩所在。現今則另供奉妙宗師父牌位及其按金之銅質金尊，以敬彼為宮開山犧牲奉獻之大恩！這也是現今住持妙德師父寫籤詩用功之所。