該殿建於民國六十五年。殿前天井，塑立騎龍菩薩。白衣飄然，莊嚴美麗。

三菩薩站立在蟠旋青龍上，一旁菩薩腳力大鵬鳥，口銜佛珠，作勢欲飛。後來加上八卦形圍欄護之。

本殿採南方寺廟形制,屋脊為雁尾式,並有剪黏裝飾。殿廊兩側列有「交趾燒」,廟殿雖窄,亦有規模。正殿供奉三尊觀世音菩薩，即大家稱呼之大菩薩、二菩薩和三菩薩。右側為由普陀山迎回之不肯去觀音院中尊觀世音菩薩；左側為由普陀山紫竹林迎回之未來菩薩。前面有聖恩宮開基觀音觀世音菩薩。再前神案供有兩尊先後由福建湄洲媽祖廟迎回之天上聖母、千里眼、順風耳，還有普陀山迎回之觀世音菩薩、三太子、陳靖姑和本宮雕刻之觀世音菩薩。右側端坐福德正神，左側為註生娘娘。

正殿右邊有貴賓室及慈元堂。前者現為收驚祭化人員輪休及妙德師父為信眾解籤用。慈元堂內供有釋迦牟尼佛、藥師佛、阿彌陀佛三聖及諸佛菩薩金尊，為早期妙宗師父濟世問事之處。。

正殿左側有辦公室及十八羅漢室，內供奉十八羅漢金尊外，還有諸多觀世音菩薩。並供奉值年太歲和文昌燈為犯當年太歲者祈福解災厄，也為莘莘學子點燈，照出光明，期能增加智慧、考運亨通、金榜題名。

民國七十三年起，菩薩陸續闢建殿前九極蓮花池、日淨亭和月淨亭。池中端立大菩薩聖像；並有善財龍女及七仙女及白鶴神虎青龍守護。另外亦興建北極門、南極門及殿前地面。昔日原本一團亂竹林叢，便因此成為聖恩宮觀世音菩薩莊嚴道場！

北極門、南極門為本宮進出門戶，建構殊特！其兩邊之內外圍牆，有菩薩手繪圖案。色彩瑰麗，造型特殊！之中亦點出聖恩宮流年盛事，可細細欣賞！

北極門入門處的圖案似定心針，到此要收束心思，莊嚴歡欣踏著一排蓮花走到正殿參香禮拜。宮前地面依天地陰陽五行八卦原理繪製的圖案，為諸天佛國的秘鑰，磁場絕佳，繞旋慢行，可強身健康，災消禍除，亦能開啟智慧，助靈性清淨超升！靠近金爐處的「宇宙 」，則是諸佛菩薩駕臨聖恩宮入口，平日用白鐵圓形欄杆圍住，不容閒雜俗夫擾亂此處清淨。